بدأت المواجهة العسكرية المباشرة بين الحملة الفرنسية والشعب المصري مطلع يوليو 1798م بنزول القوات الفرنسية شواطئ الإسكندرية؛ حيث تفاجأ قادة المماليك بالخطر المداهم نتيجة انشغالهم بصراعاتهم الداخلية وإهمالهم لتحصين ثغور البلاد. وقبل أن تطأ أقدام جنوده الأرض، وجه نابليون منشوره الشهير الذي جمع بين الترغيب والترهيب، محاولاً مجاملة الدولة العثمانية وجذب المصريين بالادعاء أنه جاء لتخليصهم من ظلم المماليك وإنشاء حكومة أهلية. غير أن الشعب المصري أدرك حقيقة النوايا الاستعمارية، وقاد الزعيم الوطني محمد كُرَيّم مقاومة الإسكندرية الباسلة، وتلتها معارك المماليك في شبراخيت وإمبابة، قبل أن تنقلب موازين الصراع رأساً على عقب في موقعة أبو قير البحرية الكارثية على الفرنسيين.